学   位

工学博士

职  称  

教授、博导

部   门

（系别）

计算机系

E-mail

Zhiwei.Ji@njau.edu.cn

通信地址

南京市卫岗1号 综合楼A622-1

（团队主页：   cdsic.njau.edu.cn）

个人简介

计智伟，教授，博士生导师，于2020年8月以海外高层次引进人才加盟威廉希尔。大数据智能计算研究中心（筹）负责人。回国之前，计博士就职于美国德克萨斯大学(UT)，生物医学信息学系（SBMI），助理教授。

计博士于2016年在同济大学计算机系取得“模式识别与智能系统”专业的工学博士学位。从2013年5月起，在美国维克森林大学和德克萨斯大学从事科研工作，先后任研究助理，博士后研究员，助理教授。他的研究兴趣包括：大数据分析与建模技术，人工智能与模式识别，系统生物学，生物信息学。近五年来，在相关领域重要期刊（例如：PLOS COMPUT BIOL, IEEE Trans系列,   INFORM SCIENCES, KNOWL-BASED SYST等）发表SCI论文50多篇，谷歌他引1500多次，H指数25。已授权中国发明专利1项。计博士的研究成果受到了领域学者的广泛关注，多个算法模型已被写入Springer和Elsevier教材并出版。近两年，受邀担任IEEE T SYST MAN CY-S, COMPUT BIOL   MED, NEUROCOMPUTING,   EUR J AGRON, Frontiers系列,   以及ICDM, BIBM和ICIC等国际知名期刊和会议的同行评审专家。作为Guest Editor，分别在IEEE ACM T COMPUT BI, Frontiers, Biomolecules等杂志上成功举办了4期Special Issue，出版Ebook一部。

˜ 教育经历

2011.9-2016.3，同济大学，计算机系，模式识别与智能系统，工学博士。

2006.9-2009.3, 上海大学，计算机系，计算机应用技术，工学硕士。

2005.2-2006.1，浙江大学，计算机学院，Visiting student。

1999.9-2003.6，浙江农林大学，计算机系，计算机科学与技术，工学学士

˜ 工作经历

2019.3-2020.7，美国德克萨斯大学，休斯顿健康科学中心UTHealth，生物医学信息学系，助理教授。

2017.7-2019.2，美国德克萨斯大学，休斯顿健康科学中心UTHealth，生物医学信息学系，博士后研究员。

2016.9-2017.6，美国维克森林大学，放射系，生物信息与系统生物学研究中心，博士后研究员。

2013.5-2015.6，美国维克森林大学，放射系，生物信息与系统生物学研究中心，研究学者。

2003.7-2011.6，浙江农林大学，信息工程学院，讲师。

˜ 学术荣誉或学术兼职

中国科技部国家科技专家库评审专家，2021.06--现在

威廉希尔学术委员会委员，2020.09--现在

江苏省生物信息学专业委员会委员，2020.11--现在

江苏省教育厅本科专业综合评估专家，2021.09--现在

研究领域

1.         大数据分析、建模和预测

2.         人工智能理论与应用研究

3.         生物信息与系统生物学

教授课程

1.         生物信息学

2.         机器学习

3.       数据库系统概论

承担项目

1.       大尺度生物分子网络建模揭示肿瘤放射抗性的分子机制，江苏省自然科学基金-面上项目，2021-07至2024-06，10万，主持。

2.       大规模生物信息计算揭示阿尔茨海默病基因表达的振荡模式，外国专家交流项目-短期（校级高端项目），2021-07至2022-06，3万，主持。

3.         AI-优化的生物信息与系统生物学方法研究，南京农业大学海外高层次引进人才启动项目，2020-10至2025-09,   150万，主持。

学术成果

(论文、专利、软著等)

一、近3年主要代表作如下：(平均影响因子：6.252)

1.       K Yan^#, Y   Wang^#, X Xie, Y Xiang, J Huang, Z Ji*, A   Space-embedding Strategy for Anomaly Detection in Multivariate Time Series. Expert Systems with Applications, 2022.   (SCI, 中科院一区, Top   Journal, IF=6.954)

2.       K Yan, X Guo, Z   Ji, X Zhou. Deep Transfer Learning for Cross-Species Plant Disease   Diagnosis Adapting Mixed Subdomains. IEEE/ACM Transactions on   Computational Biology and Bioinformatics. 2021. (SCI, IF=3.712)

3.       F Xia^#, X   Xie^#, S Jin, K Yan, Z Ji*. A Novel Computational   Framework for Precision Diagnosis and Subtype Discovery of Plant with Lesion.   Frontiers in Plant Science, 2021. (SCI, 中科院二区,   Top Journal, IF=5.753)

4.       X Xie, X Gu, Y Li, Z   Ji*. K-size partial reduct: positive region optimization for   attribute reduction. Knowledge-based Systems, 2021. (SCI, 中科院一区, Top Journal,   IF=8.038)

5.       X Zhao, H Li, S Lyu, J   Zhai, Z Ji, et al., Single-cell transcriptomics reveals   heterogeneous progression and EGFR activation in pancreatic adenosquamous   carcinoma. International Journal of Biological Sciences, 2021,   17: 2590-2605. (SCI, 中科院二区, IF =6.953)

6.       Z Ji*, C Liu, W Zhao, C   Soto, X Zhou*. Multi-scale modeling for systematically understanding the key   roles of microglia in AD development. Computers in Biology and Medicine,   2021, 133: 1-10. (SCI, 中科院二区,  IF=4.589)

7.       T Sun, Y Guo, L Zhao,   M Fan, N Huang, M Tian, Q Liu, J Huang, Z Liu, Y Zhao, Z Ji, J   Ping*. Evolution of the PB1 gene of human influenza A(H3N2) viruses   circulating between 1968 and 2019. Transboundary and Emerging Diseases,   2021. (SCI, 中科院一区, Top Journal, IF=5.005)

8.       N Jin, Y Zeng, K Yan, Z   Ji. Multivariate Air Quality Forecasting with Nested LSTM Neural   Network, IEEE Transactions on Industrial Informatics, 2021.   (SCI, 中科院一区，Top   Journal，IF=10.215, 引用10次)

9.       H Hu, Q Guan, S Chen*,   Z Ji*, Y Lin. Detection and Recognition for Life State of Cell   Cancer Using Two-Stage Cascade CNNs. IEEE/ACM Transaction on   Computational Biology and Bioinformatics, 2020, 17(3): 887-898. (SCI,   IF=3.712, 引用20次)  

10.   W Wang, Y Zhou, M   Cheng, Y Wang, C Zheng, Y Xiong, P Chen, Z Ji*, B Wang*.   Potential Pathogenic Genes Prioritization Based on Protein Domain Interaction   Network Analysis. IEEE/ACM Transaction on Computational Biology and   Bioinformatics, 2020, 18(3): 1026-1034. (SCI, IF=3.712, 引用10次)

11.   K Yan, J Huang, W   Shen, Z Ji*, Unsupervised learning for fault detection and   diagnosis of air handling units, Energy and Buildings, 2020,   20: 109689. (SCI, 中科院一区, Top Journal, IF=5.879, 引用35次)

12.   Z Ji^#, W Zhao^#,   HK Lin, X Zhou*. Systematically understanding the immunity leading to CRPC   progression. PLoS Computational Biology, 2019, 15 (9):   e1007344. (SCI, 中科院一区, Top Journal, IF=4.953, 引用15次)

13.   M Hu, X Feng, Z   Ji*, K Yan*, S Zhou. A novel computational approach for discord   search with local recurrence rates in multivariate time series. Information   Sciences, 2019, 477: 220-233. (SCI, 中科院一区,   Top Journal, IF=6.795, 引用20次)

14.   K Yan^#, Z   Ji^#, H Lu*, J Huang, W Shen, Y Xue. Fast and accurate   classification of time series data using extended ELM: Application in fault   diagnosis of air handling units. IEEE Transactions on Systems, Man, and   Cybernetics: Systems, 2019, 49 (7): 1349-1356. (SCI, 中科院一区, Top Journal,   IF=13.451, 引用65次,   ESI高被引)

15.   C Liu, J Chyr, W Zhao,   Y Xu, Z Ji, H Tan, C Soto; X Zhou*, Genome-Wide Association and   Mechanistic Studies Indicate That Immune Response Contributes to Alzheimer's   Disease Development，Frontiers in Genetics, 2018, 9. (SCI, IF=4.599,   引用30次)

16.   K   Yan, Z Ji*, W Shen. Online fault detection methods for chillers   combining extended kalman filter and recursive one-class SVM. Neurocomputing,   2017, 228: 205-212. (SCI, 中科院一区, Top Journal,   IF=5.719, 引用90次)

二、论著之外的代表性成果

1. 计智伟，多尺度模型系统理解导致CRPC发展的免疫学原理，亚太地区药物研发与数字化技术创新专题研讨会，南京，2020-11-28至2020-11-29，大会特邀报告。

2. 计智伟，A novel Bioinformatics   Approach to Reveal Oscillatory Patterns of Gene Expression in AD. 第十届江苏省生物信息学学术会议暨第九届全国生物信息学与系统生物学学术大会--扬州卫星会议，扬州，2020-11-27至2020-11-28，大会特邀报告。

3. 时磊，刘君强，计智伟，一种能量有效的混合无线传感器网络路由方法, 授权发明专利，中国,   ZL 201710050189.9, 2019-09-06.

4.   Z Ji, B Wang, K Yan, L Dong, G Meng, L Shi, A linear programming   computational framework integrates phosphor-proteomics and prior knowledge to   predict drug efficacy. 16th International Conference on Bioinformatics   (InCoB), Best Paper Golden Award (BMC Systems Biology),   Shenzhen, 2017-09-20至2017-09-22.

奖励荣誉

祁亨年，汪杭军，方崇荣，胡军国，邓飞，罗显贵，计智伟，姜广宇，马灵飞，张广群，李文珠, 木材多尺度图像采集和辅助识别及其应用，浙江省林业厅, 第十二届科技兴林奖，2012-05.

社会兼职

EDITORIAL POSITIONS: 

2018-09至2019-12,   Guest Editor (客座编辑) for Special issue:   “Machine Learning for AI-Enhanced Healthcare and Medical Services: New   Development and Promising Solution” on IEEE/ACM   Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (IF=3.712).

    2020-05至2020-10, Guest Editor (客座编辑) for Special issue:   “Artificial Intelligence (AI) Optimized Systems Modeling for the Deeper   Understanding of Human Cancers” on Frontiers   in Bioengineering and Biotechnology (IF=5.89), Frontiers in Genetics (IF=4.599).

    2020-09至2021-02, Guest Editor (客座编辑) for Special issue:   “Artificial Intelligence on Biological and Medical Information Processing” on   Scientific Programming (IF=1.22).

2021-05至2021-06,   Chair for workshop “Big data analysis, modeling, and prediction” in ICIVIS2021.

2021-11至2022-06,   Guest Editor (客座编辑) for Special issue: “The   Advanced Computational Biology Approaches for Accelerating Comprehensive   Research of the Human Brain” on Biomolecules   (IF=4.879).

SERVICE TO THE COMMUNITY:

    2017-Present:   manuscript reviewer for the following journals:

             IEEE Transactions on Systems, Man, and Cybernetics: Systems

IEEE   Transactions on Industrial informatics

IEEE Internet of   Things Journal

             IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics

             Neurocomputing

             IEEE Sensor Journal

             European Journal of Agronomy

             Computers and Electronics in Agriculture

             Computers in Biology and Medicine  

             Frontiers in Molecular Biosciences

             Frontiers in Pharmacology

             Journal of Building Engineering

             Automation in Construction

Aging

             CVPR

             ICDM

本团队现与美国维克森林大学、德克萨斯大学、奥克兰大学、里海大学、新加坡国立大学和浙江大学的多个优秀团队建立了合作关系；课题组将每年选派老师或研究生出国访学。欢迎具有相关研究背景的海内外学者申请副教授、青年研究员、讲师，加盟我们的团队。

大数据智能计算研究中心（筹）经过近1年的快速发展，已吸纳了优秀学者共15人，包括副教授和讲师共3人，博士和硕士研究生共8人，本科生3人。热忱欢迎数学（信息与计算科学、应用数学、统计学）、计算机（机器学习、计算机视觉、数据挖掘）、自动化（复杂系统建模与计算智能、生物特征识别）、生物信息与系统生物学等专业或方向的学生报考（申请）博士生、硕士生。也欢迎本校在读的优秀本科生加盟团队参加项目实训！

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Phone: 18801583250